Durante anos, cooperativas médicas foram incentivadas a fazer exatamente aquilo que se espera de organizações que pretendem ganhar eficiência: integrar a assistência, investir em hospitais próprios, construir laboratórios, organizar centros de diagnóstico e aproximar o médico cooperado da estrutura que atende o paciente. A reforma tributária pode alterar silenciosamente essa equação. Quanto mais integrada estiver a operação, maior poderá ser a parcela de custos econômicos que não encontra correspondência perfeita no mecanismo de deduções e créditos do novo sistema. O problema não está propriamente na alíquota.
Está na arquitetura. A reforma preservou formalmente um tratamento específico para o ato cooperativo e criou um regime próprio para os planos de assistência à saúde. O desenho parece coerente quando observado à distância. Quando se acompanha o caminho do dinheiro entre beneficiário, operadora, médico cooperado e hospital próprio, entretanto, surge uma distorção que pode alterar a competitividade de todo o modelo.
A questão começa com uma conquista antiga do cooperativismo. Em julgamento submetido ao regime dos recursos repetitivos, o Superior Tribunal de Justiça consolidou o entendimento de que PIS e Cofins não incidem sobre atos cooperativos típicos praticados entre cooperativa e associados para a consecução de seus objetivos sociais. A lógica econômica que sustentava essa construção era relativamente simples: a cooperativa não deveria ser tratada como uma empresa mercantil comum quando apenas instrumentalizasse a atividade econômica desenvolvida pelos próprios cooperados. Na saúde suplementar havia ainda uma segunda proteção relevante.
A Lei nº 9.718/1998 autorizou as operadoras a deduzirem, da base do PIS e da Cofins, os custos assistenciais relacionados aos eventos cobertos pelo plano. A legislação chegou a esclarecer que esse conceito abrangia os custos relativos aos próprios beneficiários da operadora. A jurisprudência administrativa avançou na mesma direção e reconheceu a possibilidade de consideração dos atendimentos realizados tanto pela rede credenciada quanto por estabelecimentos próprios. A verticalização, portanto, não era fiscalmente tratada como se o hospital interno simplesmente não existisse.
É justamente nesse ponto que a CBS introduz uma ruptura menos evidente do que a simples comparação de alíquotas permite enxergar. A LC nº 214/2025 colocou os planos de saúde em regime específico. A base parte das contraprestações recebidas e admite, entre outras rubricas, a dedução dos custos assistenciais decorrentes da utilização da cobertura pelos beneficiários. O próprio art.
235 menciona bens e serviços adquiridos diretamente de pessoas físicas e jurídicas. Paralelamente, o art. 271 permite que as cooperativas optem por regime em que as operações entre associado e cooperativa sejam submetidas à alíquota zero. Até aí, seria possível imaginar que o novo sistema apenas modernizou o tratamento tributário anteriormente reconhecido.
O problema aparece na regulamentação. O art. 332, § 8º, do Decreto nº 12.955/2026 determina que não sejam dedutíveis, na apuração da CBS dos planos de saúde, as indenizações correspondentes a fornecimentos sujeitos à alíquota zero do regime cooperativo. A regra preserva a possibilidade de transferência de determinados créditos antecedentes, mas elimina justamente a dedução do custo assistencial correspondente à operação beneficiada pela alíquota zero.
É aqui que nasce o paradoxo: o ato cooperativo é favorecido na operação entre cooperado e cooperativa, mas pode se tornar fiscalmente desfavorável quando a mesma operação entra na apuração da margem tributável da operadora. Imagine duas operadoras economicamente semelhantes. A primeira contrata uma clínica independente para atender seus beneficiários. O pagamento constitui um custo assistencial externo enquadrável nas regras de dedução, observados os requisitos legais e documentais.
A segunda é uma cooperativa médica e presta parte relevante da assistência por meio de seus próprios cooperados, submetidos ao regime de alíquota zero. Se a restrição regulamentar for aplicada integralmente a esses serviços, o mesmo gasto assistencial que reduz a base de uma estrutura empresarial pode deixar de produzir efeito equivalente na estrutura cooperativa. A neutralidade, nesse cenário, passa a depender da forma jurídica escolhida para organizar exatamente a mesma assistência médica. Na verticalização, a assimetria pode ser ainda maior.
Quando hospital e operadora pertencem à mesma pessoa jurídica, não existe aquisição do serviço hospitalar completo de outra entidade. Existem salários, medicamentos, materiais, energia, equipamentos, manutenção e uma extensa cadeia de custos utilizados para produzir internamente a assistência. As aquisições tributadas podem gerar créditos de IBS e CBS, porque o regime dos planos não elimina por inteiro a não cumulatividade. A folha salarial, porém, não integra uma operação tributada capaz de produzir crédito.
E em uma atividade intensiva em trabalho humano, essa diferença está longe de ser irrelevante. Surge então uma situação economicamente curiosa. Um procedimento hospitalar comprado de terceiro pode aparecer para a operadora como um custo assistencial identificável. O mesmo procedimento realizado dentro do próprio hospital transforma-se em uma sucessão de custos internos, dos quais apenas parte percorre a cadeia tributada do IBS e da CBS.
Não significa que o hospital próprio perderá todos os créditos. Significa algo mais sofisticado e potencialmente mais grave: o sistema pode reconhecer com maior facilidade fiscal o serviço comprado pronto do mercado do que o serviço produzido dentro da própria estrutura da operadora . Isso contraria uma das promessas centrais do IVA, a neutralidade. Um bom imposto sobre valor agregado deveria interferir o mínimo possível na decisão empresarial sobre produzir internamente ou contratar terceiros.
Se duas organizações prestam o mesmo serviço ao mesmo beneficiário, a escolha entre verticalizar ou terceirizar deveria decorrer de eficiência médica, qualidade, escala e estratégia, e não da possibilidade de uma arquitetura societária produzir base tributável menor. Há ainda uma controvérsia jurídica que provavelmente merecerá atenção. A LC nº 214/2025 define os custos assistenciais de forma abrangente, incluindo bens e serviços adquiridos diretamente de pessoas físicas e jurídicas. A exclusão específica dos fornecimentos cooperativos submetidos à alíquota zero aparece de maneira explícita no Decreto nº 12.955/2026.
Isso abre espaço para discutir se o regulamento apenas explicitou a lógica sistêmica da nova tributação ou se criou restrição à dedução que deveria estar prevista na própria lei complementar. A resposta envolve legalidade tributária, capacidade regulamentar e o próprio comando constitucional de adequado tratamento tributário ao ato cooperativo. Não é uma discussão periférica. Pode determinar a carga efetiva de algumas das maiores estruturas de saúde suplementar do país.
Para as cooperativas médicas, portanto, a reforma não deveria ser tratada apenas como projeto de adaptação de sistemas fiscais. Antes da plena maturação do novo modelo, será necessário separar receitas, custos assistenciais, pagamentos a cooperados, serviços da rede credenciada, despesas dos hospitais próprios, folha, aquisições geradoras de crédito e operações entre pessoas jurídicas distintas. A partir daí, será possível calcular quanto da atual estrutura continua neutralizado e quanto passará efetivamente a integrar a nova carga. Conclusão O maior risco da reforma tributária para o cooperativismo médico talvez não seja pagar uma alíquota maior.
É pagar imposto sobre uma riqueza econômica que, na prática, nunca permaneceu na operadora. Se honorários destinados aos cooperados deixam de reduzir adequadamente sua base e se parcela relevante do custo produzido nos hospitais próprios permanece sem crédito ou dedução equivalente, a CBS começa a tributar aquilo que o modelo de margem deveria justamente expurgar. Antes de qualquer cisão, descentralização hospitalar ou reorganização societária, contudo, a decisão exige cautela. Operações artificiais podem gerar novos riscos tributários, regulatórios e societários.
O caminho mais seguro começa por uma simulação econômica séria de cada modelo. Se os números confirmarem a assimetria sugerida pela legislação e pelo Decreto nº 12.955/2026, o debate deixará de ser apenas contábil. Estará em jogo uma pergunta bem maior: a reforma tributária conseguirá cumprir sua promessa de neutralidade ou acabará punindo justamente as cooperativas que mais integraram a prestação da assistência médica?